Dopo la firma dei trattati di pace, siglata il 9 gennaio 2005 tra il Governo centrale di Khartoum e l'esercito di liberazione del popolo sud-sudanese, è sorto il primo Governo del Sud Sudan, che sta iniziando a lavorare in un contesto del tutto nuovo cercando di coinvolgere direttamente gli operatori umanitari presenti in loco. In questo nuovo percorso di pace e di ricostruzione intrapreso dal Sud Sudan, l'associazione Cesar ha avvertito la necessità di modificare e migliorare la collaborazione con i propri partner locali, superando le modalità utilizzate durante il periodo di guerra, con il fine di rispondere in modo più efficace ai nuovi e crescenti bisogni di quelle popolazioni. 
Per questo motivo, ad agosto 2006 è stata fondata la Arkangelo Ali Association (AAA), un'Organizzazione Non Governativa sudanese finalizzata alla realizzazione di progetti di cooperazione internazionale nell'ambito della sanità e dello sviluppo.

La Diocesi di Rumbek nel Sudan meridionale conta una storia viva di sviluppo durante gli ultimi 12 anni.
 Rumbek divenne Vicariato Apostolico nel 1955. Venne affidato al clero indigeno sudanese, con a capo il Vescovo Ireneus Wien Dud. Nel 1964 Monsignor Dud fu trasferito e sostituito con il Vicario Generale Monsignore Arkangelo Ali. Costui venne ucciso nel luglio del 1965, quando il governo sudanese espulse tutti i missionari stranieri. Quello stesso anno la situazione bellica costrinse tutti i sacerdoti sudanesi a fuggire per cercare rifugio e sicurezza in Zaire. Dopo l'accordo di Addis Abeba del 1972 la missione venne riaperta e promossa a Diocesi nel 1974. Nel 1986 due sacerdoti, i soli componenti del clero locale, fuggirono dalla guerra civile per cercare rifugio con molti giovani in Etiopia. Nel 1992 ritornarono in Sudan, però non a Rumbek, che nel frattempo era stata occupata dalle forze governative di Khartoum. Nel 1986 Monsignor Pellerino venne imprigionato per 62 giorni. Non appena riacquistata la libertà, ritornò per servire la gente della zona, principalmente a Tonj, fino al 1990, nonostante le molte difficoltà e le interruzioni militari. 
Nel 1990 Monsignor Cesare Mazzolari divenne Amministratore Apostolico di Rumbek. Venne consacrato Vescovo il 6 gennaio 1999.